Od 1 lutego br. polską administrację czeka kolejne wyzwanie związane z wprowadzeniem nowego cyfrowego rozwiązania jakim jest KSeF. Po „rewolucji e-Doręczeniowej”, czas na zamiany w zakresie zarządzania fakturami.
Większość materiałów dotyczących KSeF (Krajowy System e-Faktur) skierowana jest do przedsiębiorców, natomiast informacje omawiające ten temat z perspektywy podmiotu publicznego prezentowane są w mniejszym zakresie. Tymczasem zapewne w ostatnim czasie w niejednej instytucji publicznej pojawiły się pytania i wątpliwości związane z obsługą faktur po 1 lutego.
- – Czy faktury mogą być obsługiwane tylko w postaci elektronicznej?
- – Czy należy pobierać je z KSeF?
- – Czy można je drukować, czy należy przechowywać tylko w KSeF?
- – Co z opisem faktur i ich archiwizacją?
To przykładowe pytania pojawiające w związku z nową postacią faktury – fakturą ustrukturyzowaną z KSeF (dalej e-faktura).
Aby jednak odpowiedzieć całościowo na tego typu pytania należy pamiętać, że instytucje publiczne działają na podstawie i w granicach prawa. Analizując obsługę e-faktur trzeba mieć na uwadze szerszy katalog regulacji, aniżeli ustawa o VAT czy też ustawa o rachunkowości, które wprost zawierają przepisy w zakresie KSeF. Niezależnie od swej postaci faktura jest dokumentem i z tego powodu podlega przepisom kancelaryjno-archiwalnym (ustawa archiwalna). Ponadto jest dowodem księgowym potwierdzającym wydatkowanie środków publicznych i z tego powodu trzeba mieć na uwadze zapisy ustawy o finansach publicznych.
Uzyskanie dostępu do KSeF
Kluczową datą z punktu widzenia podmiotów publicznych będzie 1 lutego br. Od tej daty instytucje publiczne mogą się spodziewać, że część faktur (w pierwszym okresie zapewne jednak jeszcze nie tak duża, bo 2026 r. to okres przejściowy) będą otrzymywać nowym kanałem, a mianowicie na swoje „konta” w KSeF. W obiegu publicznym już teraz część „dużych” przedsiębiorców deklaruje, że faktury swoim klientom będzie wystawiać w ten właśnie sposób. Podstawowym zatem obowiązkiem instytucji publicznych jest zabezpieczenie sobie możliwości dostępu do tych e-faktur. Co warto podkreślić, nie będziemy mieli tu do czynienia z czynnością zakładania konta KSeF, jak i czynnością „doręczenia” e-faktury. W przypadku np. e-Doręczeń trzeba było wnioskować o adres do doręczeń elektronicznych (ADE) i dopiero po jego aktywacji można było doręczać przesyłki na to ADE (konto). Brak aktywnego ADE uniemożliwiał wysyłkę pism. W przypadku KSEF „konta” są zakładane niejako automatycznie, a swoistym „adresem elektronicznym” jest NIP podatnika. Zaniechanie w zakresie dostępu do KSeF ze strony instytucji publicznej może zatem skutkować sytuacją braku dostępu do wystawionych przez przedsiębiorców e-faktur. Przedsiębiorcy bowiem już od 1 lutego będą mieli możliwość wystawiania e-faktur na NIP każdego podmiotu będącego podatnikiem VAT. W odróżnieniu od e-Doręczeń podmiot publiczny nie będzie też dysponował żadnym dowodem doręczenia mu e-faktury w KSeF. Sam fakt nadania numeru KSeF i data jej pojawiania na „koncie” KSeF jest wystarczający.
W celu zapewnienia sobie dostępu do KSeF należy w większości przypadków złożyć (za co odpowiada kierownik jednostki) do urzędów skarbowych wniosek w postaci formularza ZAW-FA, wskazując w nim dane osobowe pracownika uprawnionego do korzystania z KSeF (administratora). Podobnie jak w e-Doręczeniach, już w ramach systemu KSeF taka osoba może nadać kolejne uprawnienia innym pracownikom. Wyjątkiem od tej reguły będzie sytuacja, gdy podmiot dysponuje pieczęcią kwalifikowaną i wtedy automatycznie, za jej pomocą, może otrzymać dostęp do swojego konta KSeF (bez formularza ZAW-FA). Bardziej skomplikowana sytuacja będzie dotyczyć jednostek samorządu terytorialnego (JST) i ich jednostek podległych, działających w ramach tzw. centralizacji VAT. Tu najpierw organ JST zgłasza do urzędu skarbowego swoje jednostki podległe objęte tą centralizacją, a następnie składa ZAW-FA – nie robią już tego kierownicy jednostek podległych. Jednostki te działają wtedy w ramach KSeF jako tzw. podmiot trzeci i otrzymują uprawnienia do KSeF od organu JST.
Narzędzia do obsługi e-faktur
W zakresie obsługi e-faktur w KSeF istnieje możliwość obsługi ich z wykorzystaniem bezpłatnych narzędzi udostępnionych przez Ministerstwo Finansów: Aplikacja podatnika KSeF i Aplikacja mobilna KSeF. Istnieje również możliwość zintegrowania się z systemem finansowo-księgowym czy też systemem klasy EZD. W przypadku integracji trzeba wygenerować odpowiedni certyfikat, umożliwiający komunikację z KSeF. O ile w przypadku integracji z e-Doręczeniami systemy integrujące się „pobierały i usuwały” dokumenty ze skrzynki, w przypadku KSeF systemy integrujące się mogą pobrać e-faktury, ale równocześnie ich nie usuwają – są one dostępne w KSeF przez 10 lat.
W zależności od wykorzystywanego narzędzia pracownicy w różny sposób mogą otrzymać dostęp do KSeF i/lub e-faktur. W przypadku aplikacji ministerialnych po otrzymaniu odpowiednich uprawnień od administratora (np. przeglądanie faktur, wystawianie faktur) oraz po wskazaniu numeru NIP jednostki będą mogli uwierzytelnić się przede wszystkim profilem zaufanym, podpisem kwalifikowanym czy też omawianą pieczęcią kwalifikowaną jednostki. W przyszłości zrealizowana ma być integracja z węzłem krajowym, dająca możliwość wykorzystania też aplikacji mObywatel (profil mObywatel) czy dowodu osobistego z warstwą elektroniczną (profil osobisty). Po zalogowaniu się pracownik może przeglądać listy dostępnych e-faktur (system zapewnia wizualizację) oraz wystawiać e-faktury zgodne ze standardem faktury ustrukturyzowanej (tzw. schema FA(3)).
W przypadku integracji pracownicy nie muszą „logować” się do KSeF i mieć w nim nadawanych uprawnień – e-faktury są dla nich dostępne z poziomu danego systemu (np. EZD) i tu też powinien być definiowany dostęp do e-faktur. Przy planowaniu integracji należy określić, ilu systemów będzie to dotyczyć (czy EZD, czy system finansowo-księgowy, czy też inne).
W procesie obsługi należy uwzględnić również fakt, że korzystanie z KSeF przy użyciu rozwiązań ministerialnych nie zapewnia powiadomień na email, że e-faktura pojawiła się w KSeF. Jest to kolejna różnica w porównaniu z e-Doręczeniami. Do KSeF należy się cyklicznie logować i weryfikować sytuację przyrostu e-faktur od ostatniego logowania. Dlatego znacznie wygodniejsza jest tu obsługa za pomocą integracji, które pozwalają pobierać nowe faktury w odpowiednich interwałach czasu do innych systemów (np. EZD) – w takiej sytuacji powiadomienia nie są potrzebne lub mogą być realizowane z poziomu takiego systemu.
Obsługa e-faktury a przepisy
W materiałach promujących KSeF prezentowana jest informacja o braku konieczności przechowywania e-faktur we własnym zakresie – tj. poza KSeF. Co do zasady KSeF ma być wystarczający, gdyż przechowuje je przez okres 10 lat. W ustawie o rachunkowości i ustawie o VAT są zapisy przewidujące konieczność przechowywania e-faktur poza KSeF tylko w sytuacji, gdy terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego przekracza 10 lat. I to jest jedna strona medalu, w przypadku przedsiębiorców prawdziwa, ale już niekoniecznie w przypadku instytucji publicznych. Tutaj jest jeszcze druga strona medalu, gdyż ww. przepisy nie znoszą innych regulacji.
W podmiotach publicznych przepisy ustawy o finansach publicznych przewidują obowiązek dokonania przez Głównego Księgowego kontroli w zakresie zgodności operacji gospodarczej i finansowej z planem finansowym oraz kontroli kompletności i rzetelności dokumentów jej dotyczących. Przejawem tego są przepisy wewnętrzne w podmiotach publicznych przewidujące dokonanie tzw. kontroli merytorycznej oraz kontroli formalno-rachunkowej, powszechnie określane jako „opisanie faktury”. Ustawa o rachunkowości mówi też zresztą o potrzebie potwierdzenia ujęcia dowodu księgowego w księgach rachunkowych poprzez jego podpisanie (tzw. dekretacja). Wykonanie tych operacji z poziomu KSeF jest niemożliwe.
Także przepisy ustawy archiwalnej nie zwalniają z obowiązku zarejestrowania e-faktury, zaklasyfikowania, zakwalifikowania, aż wreszcie archiwizacji. Póki co nie ma wyłączeń ustawodawcy w tym zakresie. Na ubiegłorocznej konferencji IX Forum Zarządzania Dokumentacją w Urzędzie przedstawicielka Naczelnej Dyrekcji Archiwów Państwowych potwierdziła fakt, że faktury z KSeF muszą być zarządzane w systemach klasy EZD lub – w przypadku ich braku – drukowane. Padła też deklaracja o jakiejś formie dostosowania przepisów kancelaryjnych do KSeF, aby drukować nie trzeba było, ale do tej pory nie pojawiły się takie regulacje, choćby w postaci projektu.
Tym samy podmioty posiadające systemy klasy EZD powinny w ramach integracji pobierać e-faktury z KSeF i obsługiwać je w tym systemie – od rejestracji po archiwizację, łącznie z zapewnieniem elektronicznego opisu i akceptacji e-faktury. Podmioty nieposiadające systemów klasy EZD powinny zaś drukować wizualizację e-faktury (plik pdf) i postępować tu dalej „po staremu”. Z tej perspektywy widać, że po raz kolejny nie do końca udała się całościowa cyfryzacja tego procesu – znów okazuje się, że bez EZD w administracji cała nasza cyfryzacja jest trochę „kulawa”.

Wizualizacja e-faktury
Ministerstwo Finansów ostatnio zaczęło podkreślać, że dla celów innych niż podatkowe (rozlicznie VAT) możliwe jest posługiwanie się wizualizacją e-faktury pod warunkiem, że zawiera ona numer KSeF oraz kod QR pozwalający na dostęp do „oryginału” w KSeF. Jako podstawę prawną Ministerstwo wskazuje art. 106gb ust 5 i 5a ustawy o VAT. Tym samym, jeżeli jest potrzeba użycia e-faktury poza KSeF – przekazania e-faktury do innego organu lub opisania e-faktury (też np. w związku z rozliczaniem dotacji unijnej) – może dotyczyć to wizualizacji przy spełnieniu opisanych warunków.
Przy obsłudze e-faktur z KSeF należy być czujnym w sytuacji, gdy kontrahenci będą przekazywać takie wizualizacje (z kodem QR i numerem KSeF) dodatkowo innymi kanałami (np. pocztą lub e-mailem). Co do zasady podstawą do liczenia terminów jest data otrzymania e-faktury w KSeF, a nie data otrzymania wizualizacji innym kanałem. Od tej zasady jest jeden ustawowy wyjątek odnoszący się to trybu awaryjnego, w którym faktura może być doręczana zarówno innym kanałem (w odróżnieniu od zwykłej, wizualizacja będzie zawierała wtedy 2 kody QR) jak i w KSeF. W zależności od tego, które zdarzenie nastąpi wcześniej, od tej daty będą biegły terminy w zakresie „doręczenia” faktury.
Od wizualizacji e-faktury należy też odróżnić tzw. potwierdzenie transakcji – jest to fakultatywne rozwiązanie biznesowe zaproponowane przez Ministerstwo Finansów dla sytuacji, gdy przedsiębiorca będzie wystawiał e-fakturę w trybie offline (z opóźnieniem wprowadzi ją do KSeF), a klient będzie oczekiwał potwierdzenia, że dokument znajdzie się w KSeF. Ma to działać na zasadzie analogii do potwierdzeń dla transakcji kartą – nie jest obowiązkowe, ale może być przydatne, aby np. pracownik miał jakiś dowód wykonania operacji finansowej. Należy jednak pamiętać, że taki dokument nie jest fakturą, a terminy biegną zgodnie z danymi w KSeF.
Kwestia załączników i korekty e-faktury
Przy obsłudze e-faktur należy uwzględnić fakt, że KSeF nie będzie umożliwiał przekazywania standardowych załączników do faktury (np. plików pdf, jpg dotyczących protokołów, specyfikacji itp.). Te muszą być przekazywane innymi kanałami (np. poprzez e-mail lub pocztę). Ministerstwo zaproponowało mechanizm umożliwiający dodanie pewnego bloku danych w ramach struktury xml e-faktury, ale to rozwiązania będzie służyć głównie dostawcom mediów, aby zawarli tam szczegółowe informacje na temat danego rozliczania (np. różne taryfy, różne punkty poboru itp.). Tym samym dokumenty potrzebne do „rozliczania” e-faktury mogą być dostarczane innym kanałem, w innym czasie niż sama e-faktura. Dobrą praktyką jest uregulowanie kwestii sposobu przekazywania takich załączników w zapisach umów z kontrahentami i określenie wewnętrznych mechanizmów „kompilujących” taką „rozporoszoną” dokumentację w jedną całość.
W przypadku wystawienia e-faktury w KSeF brak jest mechanizmów jej anulowania lub usunięcia, a także brak jest możliwości wystawienia noty korygującej. W przypadku pomyłki, nawet drobnej, należy wystawić fakturę korygującą podając numer KSeF faktury korygowanej. Ta sama zasada dotyczy pomyłki przy wystawieniu e-faktury niewłaściwemu odbiorcy (pomyłka przy wskazywaniu NIP). W takiej sytuacji trzeba wykonać korektę e-faktury do zera dla tego odbiorcy z błędnym NIP, a następnie przygotować nową e-fakturę już na właściwy NIP nabywcy. W przypadku otrzymania e-faktury z błędami, trzeba będzie poinformować sprzedawcę o zaistniałej sytuacji, aby mógł przygotować taką korektę. Błędna e-faktura nie będzie usuwana z konta KSeF, ale można np. jej nie pobierać w ramach integracji do swoich systemów (o ile integracja to umożliwia). W przypadku pojawianie się w KSeF podejrzanych e-faktur ma zostać przygotowany mechanizm zgłaszania ich administracji skarbowej.
Dylematy JST

W przypadku JST i ich jednostek podległych objętych centralizacją VAT dużym wyzwaniem w związku z KSeF, będzie kwestia identyfikacji e-faktur dostarczanych na NIP danej JST. Istnieje duże ryzyko, że sekcja „podmiot trzeci” nie zawsze będzie wypełniana przez wystawców e-faktur, a w zawiązku tym w ramach rozwiązań poza KSeF-owych trzeba będzie zapewnić „rozdział i przypisanie” takich e-faktur na właściwe jednostki. Stanowi to znaczne utrudnienie w zakresie organizacji integracji KSeF z systemami klasy EZD czy też finansowo-księgowymi. Trzeba tu przewidzieć dodatkowe mechanizmy integracyjne z KSeF, obsługujące proces selekcji e-faktur, a potem ich przekazania do właściwych jednostek. Także w sytuacji funkcjonowania centrów usług wspólnych zapewniających obsługę w zakresie finansowo-księgowym, trzeba przewidzieć mechanizmy w jaki sposób Centrum Usług Wspólnych ma mieć udostępniane e-faktury: czy poprzez nadanie uprawnień do KSeF, w ramach rozwiązań integracyjnych, czy poprzez przekazywanie ich e-Doręczeniami lub pocztą.
Wprowadzenie KSeF to wyzwanie nie tylko informatyczne, nie tylko księgowe, ale przede wszystkim organizacyjne i procesowe. Wprowadzając rozwiązania wewnętrzne związane z obsługą e-faktur należy wziąć po uwagę wiele czynników, z których część najistotniejszych zostało wskazane w tym tekście. Należy pamiętać, że okres 2026 r. będzie „okresem przejściowym”, gdzie ustawodawca nie przewiduje kar za niestosowanie nowych regulacji, co powoduje, że w dalszym ciągu znaczna cześć faktur może być jeszcze wystawiana (a tym samym – dostarczana) na dotychczasowych zasadach. W zakresie odbioru faktur nabywca nie ponosi konsekwencji niewłaściwego działania wystawcy faktury. Dopiero od 2027 r. KSeF ma stać się podstawowym narzędziem w zakresie wystawiania i dostarczania faktur, a rozpoczynający się od 1 lutego „okres przejściowy” jest istotnym etapem na drodze do pełnej cyfryzacji procesu fakturowania.
